مهدی بازرگان، به تشخیص امام خمینی(ره) شایستگی تصدی پست نخست وزیری را در این دولت داشت.
دولت موقت در شرایطی قدرت را در دست گرفت که نظام شاهنشاهی از هم پاشیده و نظام نوپای اسلامی هم هنوز مستقر نشده بود و برای ادامه حیات خود، به یک بستر قانونی نیاز داشت. بنابراین وظیفه اصلی این دولت، تدارک همین بستر قانونی بود تا به این وسیله آرامش را به جامعه بازگرداند و شرایط را برای استقرار دولت قطعی فراهم آورد. فراز و فرودهای تشکیل کابینه دولت موقت و موضوعات و موانعی که این دولت در دوران 8ماهه حکومت خود با آن روبه‌رو بود، موضوعی است که در این مطلب به آن پرداخته خواهد شد.
بازرگان در 29 مهر 1357 به پاریس رفت تا امام را ببیند. او رفته بود تا پیشنهاد اعزام هیئت نمایندگی از طرف امام به تهران را برای هماهنگی بیشتر انقلابیون به ایشان بدهد. امام در این دیدار به بازرگان فرموده بودند: «در شرایط به دست آمده که نظام شاهی به کلی ضعیف شده، باید به فکر تشکیل مجلس و دولت باشیم اما من دقیقاً کسی را برای این کار سراغ ندارم. شما افرادی متدین، مسلمان و مورد اطمینان را به ما معرفی کنید تا مشاور باشند و برای انتخاب نماینده و هیئت دولت مرا یاری دهند.» یکی دو هفته بعد رسانه‌های خارجی مهندس مهدی بازرگان را شانس اول نخست‌وزیری دولت آیت‌الله خمینی نامیدند. بازرگان بعدها در خاطراتش نوشت که من احساس کردم امام مرا برای مدیریت بعد از انقلاب در نظر گرفته است نه برای مسئولیت قبل از انقلاب و دولت.
کمی بعدتر، در 24 آبان سال57 کارگران شرکت نفت برای همراهی با انقلاب اعتصاب کرده و دست از کار کشیده بودند. امام که مطمئن بود شاه رفتنی است در تاریخ هشتم دی ماه همان سال، بازرگان را مامور کرد با هیئتی 5 نفره به همراه هاشمی رفسنجانی و مصطفی کتیرایی تاسیسات نفت را دوباره راه‌اندازد تا مردم در زمستان بیشتر احساس سرما نکنند.
بالاخره امام تصمیم بازگشت خود را به تهران قطعی کردند و در روز 12 بهمن همان سال وارد تهران شدند. نزدیک به 5میلیون نفر برای استقبال از امام به فرودگاه رفته بودند. امام‌خمینی در جمع مردمی که در بهشت زهرا تجمع کرده بودند دولت بختیار را غیرقانونی دانستند و فرمودند که به پشتوانه همین ملت، دولت تعیین می‌کند. بختیار در آخرین روزهای حکومتش، حتی راضی شده بود که امام تعدادی از اعضای کابینه‌اش را تعیین کند تا به این شکل زمینه‌های حضور حکومت شاهنشاهی را فراهم کند. اما امام به این راضی نبودند و برکناری وی را از نخست وزیری می‌خواستند.
امام اولین بار در یک کنفرانس مطبوعاتی مهندس بازرگان را نخست وزیر آینده انقلاب اعلام کردند و از 15 بهمن در مدرسه علوی بازرگان رسما مامور تشکیل کابینه شد. امام وظیفه دولت موقت را برگزاری رفراندوم، برگزاری انتخابات مجلس مؤسسان(خبرگان) و انتخابات مجلس اعلام کردند.امام خمینی در حکمی که برای نخست وزیری بازرگان صادر کردند فرمودند: «به موجب اعتمادی که به ایمان راسخ شما به مکتب مقدس اسلام و اطلاعی که از سوابقتان در مبارزات اسلامی و ملی دارم، جناب‌عالی را بدون در نظر گرفتن روابط حزبی و بستگی به گروهی خاص مامور تشکیل دولت موقت می‌کنم....»
امام به مردم گفت هر کس دولت بازرگان را قبول دارد به خیابان بیاید و موافقت خود را اعلام کند. 19 بهمن 57 راهپیمایی سراسری در کشور برگزار شد و میلیون‌ها نفر در سراسر کشور از بازرگان حمایت کردند. کارکنان بسیاری از سازمان‌ها و وزارتخانه‌ها اعلام کردند وزرای بختیار را راه نمی‌دهند و منتظر وزرای بازرگان‌اند. بختیار اعلام کرد دولت موقت را تا وقتی شوخی است می‌پذیرد؛ اما یک مملکت نمی‌تواند 2دولت داشته‌باشد و تهدید کرد که اگر بازرگان وارد عمل شود ضرر می‌کند.گروه کثیری از افسران نیروی هوایی به مدرسه علوی رفتند و به امام و دولت او اعلام وفاداری کردند. این دیدار به معنای محو آخرین امید بختیار برای استقرار دولت مورد نظر خود بود. عکس این دیدار در روزنامه‌های داخلی و خارجی چاپ شد اما بختیار گفت: عکس را مونتاژ کرده‌اند.با اعلام وفاداری ارتش به امام، بختیار که همه راه‌ها را بسته می‌دید مخفیانه از کشور فرار کرد و به فرانسه رفت. بختیار که رفت، دولت موقت عملاً اختیار امور اجرایی کشور را در دست گرفت.
کابینه بازرگان
بر خلاف اینکه امام در حکم انتصاب مهندس بازرگان خواسته بود که او دولت را بدون وا بستگی به مناسبات حزبی خاص تشکیل دهد، اعضای کابینه دولت موقت عمدتاً از جبهه ملی و نهضت آزادی انتخاب شدند. ابتدا امام حامی دولت موقت بود. نمی‌گذاشت گروه‌های انقلابی دولت را تضعیف کنند. جواب انتقادها را هم خودش می‌داد. حتی در سخنرانی 12 اسفند 57 گفت که تضعیف دولت، تضعیف اسلام است. اما کم‌کم با روشن شدن برخی مواضع دولت، دامنه اختلافات میان امام و دولت موقت بیشتر شد.
یکی از اقداماتی که در زمان دولت موقت آغاز شد، تدوین پیش‌نویس قانون اساسی بود. بازرگان اصرار داشت که در نوشتن این پیش‌نویس از قانون اساسی فرانسه تبعیت شود. اما امام تاکید داشت که موارد اسلامی در آن حتما لحاظ شود. تا جایی که امام در سخنرانی
21 اسفند 57 خطاب به دولت گفت: «ضعیفید آقا! وزارتخانه‌ها باز همان صورت زمان طاغوت را دارد ملت در غارها زندگی بکنند و شما در کاخ‌های نخست‌وزیری و دادگستری؛ و علما و طلاب باید به شهرها و روستاها بروند و مردم را دعوت کنند که به جمهوری اسلامی رأی بدهند. زن‌ها باید با حجاب اسلامی به وزارتخانه‌ها بروند.» در خود ساختمان دولت هم تا مدتی زنان بدون حجاب و با همان سر و وضع رژیم گذشته کار می‌کردند.
کم‌کم در بهار سال 58 اختلافات شورای انقلاب و دولت موقت بالا گرفت و برای داوری پیش امام در قم رفتند. اعضای دولت موقت اعتراض می‌کردند که چرا شورای انقلاب در کار‌های اجرایی دخالت می‌کند. اعضای شورا معتقد بودند به خاطر ضعف عملکرد دولت این اتفاق‌ها می‌افتد آنها معتقد بودند شرایط کشور حساس‌تر از آن است که دست روی دست گذاشته شود.به پیشنهاد بازرگان، برای حفظ وحدت قرار شد دولت موقت و شورای انقلاب در هم ادغام شوند. برای همین در تیرماه سال 58، 5 نفر از شورای انقلاب راهی دولت موقت شدند. بازرگان از کمیته انقلاب اسلامی انتقادکرد. او گفت: «بعد از پیروزی انقلاب ما در برابر دو پدیده تازه قرار‌گرفتیم: از یک طرف زبان‌ها و قلم‌ها باز شد و مردم آنچه در دل دارند می‌گویند... و از طرف دیگر پدیده ملت است که دست و پا در آورده و به راه افتاده. ملت کمیته‌ها را درست کرده و کمیته‌ها در کار دولت دخالت می‌کنند.»
10 و11 فروردین 58 دولت موقت رفراندوم تغییر نظام ایران به جمهوری اسلامی را برگزار کرد و حدود 98.2 درصد به جمهوری اسلامی رای آری دادند. این موفقیت بزرگ دولت موقت در دوران 8 ماهه خود بود.
25 خرداد 58 دولت موقت اولین انتخابات مجلس خبرگان را برای تهیه قانون اساسی برگزار کرد. مجلس 28 خرداد کارش را شروع کرد.
غائله کردستان و گنبد
بهار و تابستان سال 58 دولت موقت درگیر قضیه غائله کردستان شد. دولت چند بار هیئت صلح و حسن نیت فرستاد اما مشکل حل نشد. اوج قضایا در جریانات پاوه بود که با پیام امام به خیر و خوبی تمام شد و نیروهای معارض شکست خوردند. بعد از پایان این غائله انتقادهای زیادی متوجه دولت موقت شد و مردم دولت را متهم به عدم‌قطعیت در برابر ضد‌انقلاب کردند.
بازرگان در این غائله به‌دنبال این بود که از طریق مذاکرات موضوع را به اتمام برساند. در حالی‌که به‌نظر می‌رسید تنها راه حل در برخورد جدی‌تر بود. غائله کردستان با حرکت جدی ارتش به پایان رسید. از سویی دیگر، در فروردین‌ماه 1358 عده‌ای از ضدانقلابیون با علم کردن مسئله مالکیت زمین‌های کشاورزی ترکمن صحرا، به تحریک مردم این منطقه پرداختند. کم‌کم ماجرا به بحث تمامیت‌خواهی کشیده شد. غائله کردستان این‌بار در ترکمن‌صحرا برپا شده بود. دولت این بار هم همان سیاست«صبر و انتظار» را در پیش گرفت و معتقد به تساهل و سازش بود.
پایان مأموریت
مهندس بازرگان در مراسم تشییع جنازه آیت‌الله طالقانی سخنانی را درباره جدایی دین از سیاست ایراد کرد که واکنش‌های زیادی را در میان جامعه برانگیخت. امام هم نسبت به سخنان بازرگان موضع گرفتند. امام خمینی 2 سال بعد در مهر ماه سال 60 در یک سخنرانی گفت که کوشش‌های ما در امر تبلیغات دینی و اسلامی از ابتدای انقلاب صفر بوده است.بازرگان تمام تلاش خود را کرد تا زمینه انحلال کمیته‌های انقلاب را فراهم کند.
وی پیشنهاد انحلال این نهادها را داد که امام به‌شدت مخالفت کرد. آبان ماه سال 58 ، هزار و 400 نفر از دانشجویانی که در راهپیمایی سالروز تبعید امام شرکت کرده بودند، سفارت آمریکا در ایران را اشغال کردند. بازرگان در آن زمان در الجزایر با برژینسکی ملاقات کرده بود و دانشجویان معتقد بودند او با گرگ سر میز مذاکره نشسته است. اتفاقاتی که در حاشیه این مسئله رخ داد و حوادثی که قبل‌تر اتفاق افتاده بود موجب شد بازرگان استعفا دهد. دولت بازرگان بلافاصله بعد از 13 آبان استعفا کرد و امام بدون هیچ قید و شرطی پذیرفت و کار اداره کشور را به شورای انقلاب سپرد.
